バイオディーゼル燃料の原料となる植物油は生物由来資源（バイオマス）であることから、植物が太陽光をエネルギーとして光合成を行い、二酸化炭素（ＣＯ２）と水から酸素を繰り返し清算することができ、石油などの化石燃料とは違って、再生可能な燃料です。
国際的に気候変動に関する条約では、バイオマス由来の燃料を燃焼した際に出るＣＯ２については、ＣＯ２排出がゼロカウント（カーボンニュートラル）とされています。
例えば、車の燃料を軽油からＢＤＦに替えた場合、ＣＯ２削減量を算出すると、
変更前 ２．６２㎏-ＣＯ２／ℓ（軽油のＣＯ２排出原単位）×１ℓ（軽油使用量）＝２．６２㎏-ＣＯ２
変更後 ０．００㎏-ＣＯ２／ℓ（軽油のＣＯ２排出原単位）×１ℓ（軽油使用量）＝０．００㎏-ＣＯ２
となります。
もし、軽油を年間で１万ℓ消費する車では、ＣＯ２排出量を２６．２トン-ＣＯ２を削減することができます。ＣＯ２の削減を進めることで、企業のＣＳＲ活動においても良い影響を与えてくれます。
また、廃食用油を回収してＢＤＦを精製することは、資源の有効活用だけではなく、水質汚染の未然防止にも繋がります。
ディーゼルエンジンでバイオディーゼル燃料（ＢＤＦ）を使用した場合に軽油と比較して、排ガス中の粒子物質（PM=Particulate Matter）が極めて少なくて済み、規制値の1／3から1／7の排出量になっており、さらには、硫黄酸化物（ＳＯｘ）は大幅に削減されます。
廃食油は、水質汚染の尺度である、環境負荷（ＢＯＤ＝汚れの尺度）が非常に大きいため、台所の排水に流したり河川に投棄を行う事はやってはいけません。
また、新聞紙にしみこませたりや凝固剤で固めて可燃物として廃棄することもゴミ削減の観点からはマイナスのこととなりますので、出来る限り再利用できるよう、気に掛けることが重要と考えています。
※ＢＯＤ（生物化学的酸素要求量）＝水中に溶けている有機物（汚染物質）が微生物によって酸化分解される際に消費される酸素の量のことを言います。